机车车辆脱轨事故的主要隐患有：机车车辆配件脱落，机车车辆走行部构件、轮对等限度超标，线路及道岔限度超标 ， 线路断轨胀轨，车辆装载货物超限或坠落，线路上有异物侵限等。