土地增值税的计税依据是纳税人转让房地产所取得的增值额。转让房地产的增值额，是纳税人转让房地产的收入减除税法规定的扣除项目后的余额。
1、收入额的确定
纳税人转让房地产所取得的收入，包括货币收入、实物收入和其他收入在内的全部价款及有关的经济收益，不允许从中减除任何成本费用。
对取得的实物收入，要按收入时的市场价格折算成货币收入；对取得的无形资产收入，要进行专门的评估，在确定其价值后折算成货币收入。
所取得的收入为外国货币的，应当以取得收入当天或当月1日国家公布的市场汇价折合成人民币，据以计算应纳土地增值税税额。
2、扣除项目及其金额
(1)六类扣除项目：
①取得土地使用权所支付的金额：指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用之和。
其中“取得土地使用权所支付的金额”包括：a．以出让方式取得土地使用权所支付的土地出让金；b．以行政划拨方式取得土地使用权的，为转让土地使用权时按规定补缴的出让金；c．以转让方式取得土地使用权的，为支付的地价款.
②开发土地和新建房及配套设施的成本(简称房地产开发成本)，主要包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用等。
③开发土地和新建房及配套设施的费用(简称房地产开发费用)：指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。
房地产开发费用不能按实扣除，而应计算扣除。具体办法是：
④与转让房地产有关的税金：是指在转让房地产时缴纳的营业税、印花税、城市维护建设税。教育费附加，也可视同税金予以扣除。
⑤财政部规定的其他扣除项目。
对从事房地产开发的纳税人可加计扣除：
加计扣除金额=(取得土地使用权所支付的金额+房地产开发成本)×20%。
对取得土使使用权后，未进行开发即转让的，只允许扣除取得土地使用权所支付的金额(包括地价款和缴纳的有关费用)、以及在转让环节缴纳的有关税金，不得加计扣除。
⑥旧房及建筑物的评估价格。
纳税人转让旧房及建筑物时因计算纳税的需要而对房地产进行评估，其支付的评估费用允许在计算土地增值税时予以扣除。但对纳税人因隐瞒、虚报房地产成交价格等情形而按房地产评估价格计算征收土地增值税所发生的评估费用，则不允许在计算土地增值税时予以扣除。
3、评估价格办法及有关规定
(1)出售旧房及建筑物的
根据税法规定，出售旧房及建筑物的，应按评估价格计算扣除项目的金额。
扣除项目的金额(旧有房地产的价格)=旧房及建筑物的重置成本价×成新度折扣率=旧有房地产重新建造的完全价值-建筑物折旧
注意：房屋的成新度折扣不同于会计核算中的折旧，是按照专业机构规定的房屋新旧等级标准进行对照，并参考房屋的使用时间、使用程度和保养情况，综合确定房屋的新旧度比例，一般用几成新表示。
(2)隐瞒、虚报房地产成交价格的
对隐瞒、虚报房地产成交价格的，应由评估机构参照同类房地产的市场交易价格进行评估。税务机关根据评估价格确定转让房地产的收入。
市场比较法确定房地产评估价格=交易实例房地产价格×人为因素修正×时间因素修正×地域因素修正×品质因素修正×其他因素修正
(3)提供扣除项目金额不实的
对于纳税人申报扣除项目金额不实的，应由评估机构对该房屋按照评估出的房屋重置成本价，乘以房屋的成新度折扣率，确定房产的扣除项目金额，并用该房产所坐落土地取得时的基准地价或标定地价来确定土地的扣除项目金额。房产和土地的扣除项目金额之和即为该房地产的扣除项目金额。
(4)转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的
对这种情况，应按评估的市场交易价确定其实际成交价，并以此作为转让房地产的收入计算征收土地增值税。
上述四种情形中，(1)、(3)两种情形是评估确定扣除项目金额的，(2)、(4)两种情形是评估确定房地产转让收入的。
