《企业所得税法实施条例》（国务院令第512号）第95条规定对研究开发费用的处理规定和《企业会计准则第6号—无形资产》规定相一致：对研究开发阶段形成无形资产的处理和计入当期损益的部分处理具有一致性。
3.研发区域上进行了扩大：即研发费用取消了限制境内的说法。
根据《关于外商投资企业技术开发费抵扣应纳税所得额有关问题的通知》（国税发[1999]173号）第一条：“企业进行技术开发当年在中国境内发生的技术开发费比上年实际增长10%(含10%)以上的，经税务机关审核批准，允许再按当年技术开发费实际发生额的50%，抵扣当年度的应纳税所得额。”规定可知：外资企业享受税收优惠必须是“中国境内发生的”；而《企业所得税法》并之没有这种限定，从“世贸组织的国民待遇”原则来看，今后不可能有相关的限制性规定。
4.展期扣除发生了变化：即对由于加计扣除造成的亏损允许用以后年度的应纳税所得进行弥补。
原税法规定由于加计扣除造成的亏损不允许用以后年度的应纳税所得进行弥补。
例如：四川省吉祥股份有限公司2006年发生应税收入1000万元，发生可扣除项目900万元，包括技术开发费300万元，假设无以前年度可弥补的亏损，无免税所得和投资收益及公益性捐赠。
依据《关于修订企业所得税纳税申报表的通知》（国税发[2006]第056号）和《关于明确企业所得税纳税申报表执行口径等有关问题的通知》（国税函[2006]1043号）的规定，吉祥公司2006年的企业所得税申报表主表的填列如下：
主表第16行为纳税调整后所得100万元（1000－900）；根据填表说明中明确第22行“本行不得为负数。本表第16行或者依上述顺序计算结果如为负数，本行金额应填0。”的规定：第21行“减：加计扣除额”应为100万元。
根据国税发[2006]第056号中《税前弥补亏损明细表》填表说明中明确了可以弥补的亏损为16行“纳税调整后所得”所列示的亏损数规定可知：由于加计扣除可能产生的亏损50万元不允许用以后年度的应纳税所得进行弥补。
则该企业2007年度应纳税所得额＝1000－900－100＝0万元（100＜300×50%）
这样的申报结果与《关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》（财税[2006]88号）的规定“企业年度实际发生的技术开发费当年不足抵扣的部分，可在以后年度企业所得税应纳税所得额中结转抵扣，抵扣的期限最长不得超过五年。”规定不一致。它产生直接后果是：对于一些技术开发跨度比较长的企业，开发属于投入期，并不能当年收到效益，而所得按纳税年度进行计算，直接导致这部分企业无法充分享受到所得税加计扣除的税收优惠。
《企业所得税法》关于企业研究开发费用加计扣除的规定中并没有对是否可以延期扣除进行直接的规定，《企业所得税法实施条例》第10条规定“企业所得税法第五条所称亏损，是指企业依照企业所得税法和本条例的规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额”。
研究开发费用的加计扣除，归属于“各种扣除”，当企业亏损或者所得不足以扣减研究开发费用加计扣除额，这部分加计扣除形成了亏损，可以用以后年度的应纳税所得弥补，实质上是一种递延，保证了企业能够充分享受开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用加计扣除的税收优惠。
前述案例中如果事项发生在2008年度，其应纳税所得为：
企业2008年度应纳税所得＝1000－900－300×50%＝－50万元。
综上所述，研究开发费用的主要变化在于可抵扣的范围不仅限于计入管理费用的部分，还包括计入无形资产的部分；研发区域从国内扩大到国内外；加计扣除可能产生的亏损可以由以后年度所得弥补。 |
