目前使用的多为基因工程乙肝疫苗，昔日使用的血源性疫苗已基本淘汰（原因是有引起血源性疾病的嫌疑和浪费大量的血浆）。基因工程乙肝疫苗是利用现代基因工程技术，构建含有乙肝表面抗原基因的重组质粒，它可以用于预防所有已知亚型的乙肝病毒感染。现在用的基因工程乙肝疫苗为乙肝重组脱氧核糖核酸酵母疫苗和重组牛痘病毒疫苗，剂量为每支5微克。