洪水往往造成水体的污染，造成一些经水传播的传染病大规模流行的条件，如血吸虫病，钩端螺旋体病等。但洪水对于水体污染的作用是两方面的。

在大规模的洪水灾害中，特别是在行洪期间，由于洪水的稀释作用，这类疾病的发病往往并无明显上升。但是，当洪水开始回落，在内涝区域留下许多小的水体，如果这些小的水体遭到污染，则极易造成这类疾病的爆发流行。