(1)按发病部位的解剖系统分类，可分为结缔组织病，消化系统疾病和内分泌疾病等。

　　(2)按病变组织涉及的范围分类，可分为器官特异性(慢性甲状腺肝炎、自身免疫性溶血性贫血、重症肌无力)和非器官特异性(RA、SLE)。

　　(3)自身免疫性疾病的共同特征

　　①患者血液中可以检出高滴度的自身抗体和(或)与自身组织成分起反应的致敏淋巴细胞，自身抗体在不同的自身免疫病中有交叉重叠现象。

　　②组织器官病理特征为免疫炎症，并且损伤范围与自身抗体或致敏淋巴细胞所针对的抗原分布相对应。

　　③动物中复制出相似的疾病模型，并能通过血清或淋巴细胞使疾病在同系动物中转移。