经济责任审计对象按单位性质基本可分为行政事业单位领导人的经济责任审计；县市区长的经济责任审计和企业领导人的经济责任审计。由于不同类型的被审计对象呈现出各自不同的特点，在审计实务中，就要针对各自的特点选择与之相适用的审计方法。
一、基本分析法
这类审计方法，主要运用于行政事业单位领导人的经济责任审计。行政事业单位的特点是：承担着国家宏观经济管理和行政执法的职责，或者担负一定社会公益的职能。经费全部或绝大部分由财政供给，有一部分规费收入和罚没收入，按现行财政管理体制各单位的规费收入和罚没收入实行财政“收支两条线”管理办法。基本分析法，就是要针对行政事业单位的以上特点，首先了解单位的人员编制情况，结合人员编制情况，分析经费中人员经费是否合理。其次是了解单位的行政职能和管辖范围，对比分析公务费开支的合理性。第三是了解维持行政职能的资产总量是多少，财政核定的年度经费预算额度和有无专项资金收入，分析研究领导任期内主要财务收支活动的合理合法性。在以上基本分析的基础上，对变动比较大和显著不合理的地方，再采用常规审计手段进行深入核实，调查取证。对一些宏观经济管理部门和有一定收入的事业单位，需要分析的内容要复杂一点，但是按照基本分析法的逻辑思路，仍然可以达到提高效益的目的。
二、指标修正法
县、市区长做为一级行政区域的行政首长，全面负责一个地区的经济工作，其担负的经济责任有其自身的特点：一是经济责任评价指标内容广泛，往往涉及到一个或几个指标体系，有些指标是建立在有完备会计资料基础上的财政财务收支指标。二是经济责任评价指标的综合性强，如国内生产总值、人均GDP指标、经济增长率、财政收支规模等，单纯地通过对其行政区域内的财政收支活动来评价领导者的经济责任，既不全面也不准确。只有对业已形成的完备的指标体系进行必要的审核修正，才能用这些量化的经济指标来评价和界定被审计对象的责任，这样的评价才具有全面性、客观性，才可以防范以偏概全、以点带面造成的审计风险。采用指标修正法，就是在运用综合经济指标对县、市区长经济责任进行评价时，不能照搬照抄业已形成的各项指标形成审计评价结论，而是对需要运用的指标分类进行处理，对有健全会计资料的财政、财务收支，专项投资等重要经济指标，应当坚持运用审计手段进行查证核实，对建立在统计基础上的社会经济发展指标，要运用抽样调查、因素分析等方法，对重要经济指标的可信度进行验证，对明显有粗估冒算、泡沫水分的虚假经济指标，要坚决予以修正，以防止由于运用了虚假的经济指标而对被审计对象得出错误的评价结论 |
