河床砂砾石覆盖层开挖，由于基坑渗水量大，电铲仅能挖除河床表层（1.5m厚）部分，233.5m高程以下全部采用反铲和装载机进行开挖。反铲挖水下部分，主要是挖集水井，装载机开挖集水井水位以上部份。当开挖到224m高程时，岩石开始出露。河床坝基岩石开挖，采用100型潜孔钻预裂抽水槽松动爆破，且分左右岸进行开挖，即当开挖左岸部份时，右岸做集水井，开挖右岸部份，左岸做集水井。最后把集水井固定在左岸趾板以上（上游），为以后的趾板混凝土浇筑、坝体填筑抽水创造了有利条件。

关于下游反渗水的问题，人们的认识并不是始终不变的。从理论上分析，古洞口大坝坝底宽度为330m，又距导流洞出口100多m，渗径长、施工又在枯水期，估计渗水量不大，因此未考虑做下游围堰，也未考虑采取防渗措施。但在实际开挖中，下游导流洞出水透过砂砾层向基坑倒灌，加之上游渗水和两岸山体的渗水，基坑抽水日排量最高时达到4万立方米，基坑开挖时，又数次遭暴雨，供电系统也常出问题，基坑开挖十分艰难。项目部一方面积极建议业主在下游做一档地表水的简易围堰；一方面调集50多台抽抽水设备加大抽水量。将基坑分成左、右两个区域分别开挖，采用编织袋小围堰，涵管倒水，几个积水井接力排水等措施，终于在1996年9月将大坝水平段趾板浇筑完毕。然后集中全力将坝基填至235m原河床高程，结束了水下作业。

灰岩料的开采在古洞口施工中最为艰难。原设计方案中规划了5个石料场，因种种原因，只有一个5号料场可供开采。5号料场紧靠着坝体，山势陡峭，灰岩层面向下游倾斜，覆盖层夹泥厚5～8m，遇雨或震动即发生滑坡，开采条件十分恶劣。由于反渗水导致基坑开挖延迟工期半年，调整后的渡汛方案决定97年采用大坝经济断面挡水。虽然经济断面填筑所需的灰岩料只有7万立方米，但在料场尚未形成开采规模的情况下要满足渡汛要求，形势仍然十分严峻。经过反复论证比较，最后确定在5号料场沿坝后河床方向爆破，将料推到河床，在河床取料上坝。采用这一方案虽然造成了开采与填的交叉干扰，安全问题十分突出，但由于采取了相应的措施，保证了施工的顺利进行。为保证骨料级配，又采取了侧面挖装的方法，满足了填筑指标，保证了填筑质量、进度。