分离的基本依据：极性差异、酸性强弱、分子大小和特殊结构。

1、溶剂萃取法

2、PH梯度法：用不同浓度的碱分离

3、柱色谱法

（1）硅胶柱色谱法

适于分离异黄酮，二氢黄酮（醇）和高度甲基化或乙酰化的黄酮及黄酮醇类。

分离苷元时：氯仿-甲醇混合溶剂洗脱。

分离苷时：氯仿-甲醇-水或乙酸乙酯-丙酮-水。

（2）聚酰胺柱色谱

适于黄酮类化合物的分离。

原理：氢键吸附学说，即聚酰胺的吸附作用是通过其酰胺羰基与黄酮类化合物上的酚羟基形成氢键缔合而产生的，其吸附强度取决于黄酮类化合物分子中酚枪击的数目与位置等及溶剂于黄酮类化合物，或与聚酰胺之间形成氢键鍗合能力的大小。