甲减症需用甲状腺激素剂替代治疗，而且常为终身治疗。甲状腺制剂有左旋甲状腺素钠(L-T4)，三碘甲状腺原氨酸(L-T3)及甲状腺片，三者强度比大约为0.1mgT4=25μg,T3=40mg甲状腺片，此外尚有Euthroid(每片含T40.06mg，T315μg)，Thyrolar每片含T40.05mg,T312.5μg)。国内常用制剂为甲状腺片。
剂量及用法，①甲状腺片，开始剂量20～40mg/日，每周增加20mg/日，直至秦效。一般先浮肿消退，然后其他症状相继改善或消失。获满意疗效后，摸索合适的维持量，长期服用。②L-T40.05-0.1mg/日，每4～6周增加0.05mg，完全替代剂量为0.1～0.2mg/日。 ③L-T350～100μg/日，分2～3次服用，本药吸收迅速，作用强大，对敏感的甲减病人不利，一般不常规单独应用。④1岁以上儿童每日剂量按T42.8～4.4μg/kg口服，或有相当剂量的甲状腺片(0.1mgT4相当40mg甲状腺片)。1岁以下婴儿剂量需增加，每日按T410μg/kg口服。
贫血患者除甲状腺制剂替代治疗外，应按贫血类型补充铁剂，维生素B12，叶酸或肝制剂等。胃酸缺乏者应补给稀盐酸。
粘液水肿昏迷患者应即刻静脉注射L-T340～120μg，以后每日50μg，分2～3次注射，或用L-T4200μg即刻注射，以后每日50μg，如无注射剂，可将上药溶解后注入胃管，每4～6小时一次，剂量同上。此外应注意保暖，给氧，保持呼吸通畅，输液不宜过快，感染时可输注氢化可的松200～300mg，并应用抗菌素感染。
