真菌广泛存在于大自然中，孢子随尘土飞扬，易吸入呼吸道，呼吸道正常时也有真菌存在，所以取痰或分泌物做涂片或培养，查到的真菌未必是致病菌。病人在同时或先后常夹杂细菌病毒等感染，临床表现复杂，易误诊或漏诊，实际工作中常是根据具有“机会感染”因素：长期大量使用广谱抗生素、免疫抑制剂、抗癌药等，在其他诊断不能完全说明病人的情况时才想到真菌感染。真菌侵入肺后产生炎症改变，基本病理变化是凝固性坏死，细胞浸润和化脓，慢性感染，有肺纤维化或肉芽肿形成。