TMC的病理类型绝大多数为乳头状癌，且多为Ⅰ级，预后良好。即使是合并颈部淋巴结转移的病例，其预后与未合并淋巴结转移者相比并无显著性差异。有人认为多数TMC处于亚临床状态，发展成为临床显性癌的只是少数，许多病例即使发展成为显性癌也对生存率影响不大，绝大多数TMC可能长期无进展，甚至消退，因此，对于无转移的TMC不必施以任何治疗，只需观察。
对于甲状腺良性疾病手术后病理偶然发现的TMC也不需再次手术。但多数人则认为，尽管TMC预后良好，但并不一定都趋向于终生不进展的亚临床状态。即使原发病灶大小不变，也可发生远处转移引起死亡。至于区域淋巴结转移的报告则更多。因此，建议对TMC也应进行积极的外科治疗，但采用何种手术方式则有争议。
Hay等在50年内对535例TMC进行观察研究，平均随访时间17.5年。91%的病例采用了全甲状腺切除或近全甲状腺切除，7%采用患侧甲状腺叶全切除术，44%的患者作了颈淋巴结清扫术。结果只有6%的病例术后20年再发，无1例死于甲状腺癌。有人对是否一定要采取这种完全性手术方式治疗TMC提出不同意见。Noguchi报道的867例，平均随访时间12.8年，仅有3例行全甲状腺切除术，62.4%的病例行近全甲状腺切除，20.1%的病例行患侧甲状腺叶全切除术，患侧甲状腺部分切除的病例占17.2%（这些病例术中并未发现TMC），术后仅有12例复发。广州中山大学第附属医院110例TMC中，无1例行全甲状腺切除，42例行甲状腺次全切除术，即患侧全切除，对侧次全切除和峡部切除。42例行甲状腺双腺叶次全切除术，其余为甲状腺一侧腺叶全或次全切除术，术后仅有1例复发。
综合近年国内外文献，TMC的手术治疗原则主要有：
1.术前或术中确诊TMC并颈淋巴结转移者，可行全甲状腺切除或近全甲状腺切除加患侧颈淋巴结清扫术。
2.术前或术中未发现原发病灶，而颈淋巴结甲状腺癌转移确诊者，可行颈淋巴结清扫术，淋巴结转移侧甲状腺叶全切除，对侧腺叶次全切除。术后应仔细探查切除腺体内有无TMC结节。
3.术前或术中确诊TMC而无淋巴结转移，40岁以下者可行甲状腺患侧腺叶全切除加上峡部切除，同时应探查对侧腺叶。如有结节，应行对侧腺叶次全切除。而40岁以上者则直接行甲状腺次全切除术，不必行预防性淋巴结清扫术。Noguchi的一组大宗病例报告显示，在1743例TMC中，未行颈淋巴结清扫的复发率为1.2%（17/1419），行颈部淋巴结清扫的复发率为2.1%（5/234），二者间无显著性差异，但行预防性清扫组复发率高于未行清扫组，说明预防性清扫术并无临床意义。
4.术前和术中未能确诊，但术后病理确诊为TMC的患者，无合并颈淋巴结转移者并已行患侧腺叶次全或大部分切除术者，应仔细再查手术标本，检查TMC周围组织有无癌细胞浸润，包膜和血管有无侵犯。如证实TMC已完整切除，则不必再行根治性手术。可定期随访复查，发现有可疑癌组织再发征象时才再次手术。随访中还应注意检查对侧腺叶有无结节出现，如有也应再次手术切除甲状腺对侧腺叶。如复查病理标本发现包膜和血管受侵犯，切除组织边缘有癌细胞浸润，或为多发癌灶者，应再作甲状腺次全切除术或近全甲状腺切除术。
5.已合并远处转移者，原则上应行全甲状腺切除，并于术后给予放射性131I治疗。
6.微小髓样癌的治疗应根据患者的具体情况决定，术中冰冻切片或术后病理诊断为髓样癌时的手术原则为：①遗传性髓样癌：应即行或再行全甲状腺切除，加上中央组淋巴结清扫术；②散发性髓样癌结节直径》0.5cm，应行全甲状腺切除术。因为髓样癌的颈部淋巴结转移与肿瘤大小直接相关；③散发性髓样癌不论肿瘤大小，只要术后降钙素水平持续异常或再次升高，五肽胃泌素试验阳性，应再次手术，行全甲状腺切除术；④散发性微小髓样癌的结节直径《0.5cm，非多灶性，术后降钙素水平正常和五肽胃泌素试验阴性者，如首次已经行甲状腺次全切除或腺叶全切除术，则可不必再次手术。
7.如患者同时合并甲亢，结节性甲状腺肿，甲状腺瘤，应给予相应的腺叶次全切除手术。如双侧结节性甲状腺肿合并左叶TMC者，应行左叶全切除，右叶次全切除或大部分切除手术。
8.所有病例术后均应给予甲状腺素进行TSH抑制治疗。
