对一些财政性投资项目，审计机关、财政部门、行业主管部门甚至中介机构对建设项目都可以监管，对建设项目的审查由于受利益的驱动，没有明确的法律法规对这些不同的部门、不同层次的监管加以规范，造成目前监管体系比较混乱的局面。部门之间缺乏沟通与协调，交叉重复检查多，影响项目的正常建设，各部门各自为政，没有一个部门行使经常性的监督检查职责，出现了有的项目一年接受若干次检查，而有的项目从建设到结束没有监管部门过问的怪现象。基层审计机关为了更好地履行法定职责，在协调与财政部门的关系上牵制了大量的精力。

　　二、审计中面临的法律诉讼问题

　　当前固定资产投资审计中发生的法律诉讼问题其实质是法律适用的冲突问题。实践中主要涉及到?民法?、?合同法?与?审计法?的适用冲突，最为典型和普遍的是工程价款审计核减所引发的一系列纠纷问题。建设单位一般以追回多付的工程款为目的提起诉讼，施工单位则为了多结工程款而提起诉讼。法院在审理此类案件时，往往抛开审计决定及其反应的事实，以建设单位与施工单位是平等的合同关系为由，仅仅依据《民法》、《合同法》及双方签订的合同进行判决，并认为《民法》、《合同法》的效力高于其它法律，大多数情况下判决施工单位胜诉。这也助长了许多施工单位为了维护自己的利益，对审计决定不服时，不是通过行政复议和行政诉讼途径进行救济，而往往是以合同纠纷为由，另行提起民事诉讼。在这种情况下，当审计发现问题后，如何能在诉讼中让法院考虑审计中发现的问题和采纳审计意见，确实是一个难题。按照宪法规定，审计机关受政府领导，审计行为属于行政行为，审计决定属于行政决定，审计决定是一种具体行政行为，是国家权力的体现，具有确定力、约束力和执行力，一经作出，就产生了法律效力，非经法定机关和法定程序不能撤销和变更，而现实中司法机关和国家行政执法机关并未完全正确行使法律赋予自己的权利，甚至否定法律赋予行政执法部门的权利，从而导致审计职能难以履行。

　　三、审计执法主体资格存在争议的问题

　　《审计法实施条例》、《财政违法行为处罚处分条例》明确规定审计机关为执法主体，但对审计机关能否依据其他财经法律法规的规定，对被审计单位违反国家规定的财政财务收支行为进行处理处罚的问题没有明确约定。在国家建设项目审计中，这一矛盾又特别突出。在国家建设项目审计中，审计机关必然要对建设项目在建设管理、招标投标、工程价款、监理的执行等方面实施监督，但能否依据《建筑法》、《招投标法》、《合同法》、《土地管理法》和监理制度等规定进行处理、处罚，在执法主体和执法的方式、方法上争议较大。特别是由于立法上的欠缺，现行法律没有授予国家审计机关的审计强制执行权，这势必影响国家审计机关的权威性，同时也会助长违法行为的嚣张态势。

　　四、审计机关内部也存在一些问题

　　(一)机构不健全。目前各级政府公共建设投资不断增多，审计机关承担的审计任务十分繁重。部分地方专门成立了政府投资审计中心，采取政府雇员制解决审计专业人员紧缺问题，取得了一定的成效，但在实际运作中仍然存在一些自身不能解决的问题：一是聘请人员的经费得不到保障，不利于政府投资审计的深入开展。二是在审计力量不足时，国家审计机关将政府投资审计项目委托社会中介组织进行审计，审计核减收费只能由社会中介机构收取，作为全程监督的审计机关就面临经费紧张的尴尬局面。

　　(二)人员数量和素质不适应。政府投资审计涉及到多专业和多学科，要求审计人员不仅懂得财务和工程管理方面的知识，而且还应具备经济管理、社会科学、和法律等方面的知识。县级审计机关缺乏复合性审计人才，难以满足综合性强、层次高的政府投资审计工作的需要，政府投资项目的审计重点，主要定位在核实工程造价、防止工程高估冒算及损失浪费等方面，对于其经济性、效率性、效果性评价的较少。服务宏观决策的功能发挥不充分。对投资效益的评价不够全面、科学，审计质量不高。